گرچه نسبشناسان قبل از شکلگیری فاطمیان درباره نسل محمد بن اسماعیل به دلیل فعالیت زیرزمینی اسماعیلیان اطلاعات اندکی به دست میدهند، اما با برپایی حکومت فاطمیان در شمال آفریقا، نسبشناسان به نسب خلفای فاطمی توجه کردند و با اینکه خلفای عباسی نسب آنان مخدوش میدانستند، اما همه نسبشناسان نسب خلفای فاطمی را پذیرفتهاند و آنها را فرزندان محمد بن اسماعیل دانستهاند، ولی عمدتاً از اینکه نسب نخستین خلیفة فاطمی به کدام یک از فرزندان محمد بن اسماعیل میرسد طفره رفته، در این زمینه تشتت فراوانی دارند. بنابراین، نسبشناسان اصل نسب خلفای فاطمی را تأیید کرده، فاطمیان را از اولاد حضرت فاطمه (س) معرفی کردهاند، اما درباره اینکه از کدام فرزند محمد بن اسماعیل هستند توافقی میان آنها وجود ندارد.